Indien in het verleden bleek dat een voorlopige aanslag te hoog was vastgesteld gaf de Belastingdienst logischerwijs dat geld gewoon terug. Dat deed ze echter in de vorm van een ambtshalve vermindering van de eerder opgelegde voorlopige aanslag en niet in de vorm van een nadere (lagere) voorlopige aanslag. De reden daarvoor was dat er bij de vermindering geen heffingsrente vergoed behoefde te worden en bij een nieuwe voorlopige aanslag wel. De Hoge Raad vond dat geen juiste handelswijze en besliste in een arrest uit 2011 dat de Belastingdienst de heffingsrente toch verschuldigd was.
Voordat een procedure bij de Hoge Raad tot een einde komt verstrijken vaak meerdere jaren. Dat had tot gevolg dat bovengenoemde heffingsrente heel laat werd betaald door de Belastingdienst. Omdat die rente veel te laat werd betaald, is er vervolgens een procedure gestart over de vraag of de Belastingdienst over de te laat betaalde rente ook nog de wettelijke rente had moeten vergoeden. De Hoge Raad heeft nu geoordeeld dat bij te late vergoeding van heffingsrente ook aanspraak bestaat op vergoeding van wettelijke rente (gebaseerd op de rente voor niet–handelsschulden, tussen 3 en 4%).
De wettelijke rente moet berekend worden over het terug te geven bedrag aan heffingsrente. De Hoge Raad past vervolgens een andere regel toe, namelijk dat in eerste instantie een betaling toegerekend moet worden aan de wettelijke rente en pas daarna aan de hoofdsom. Dat betekent dat na de betaling door de Belastingdienst de wettelijke rente voor een deel blijft doorlopen. Door het eerst in mindering brengen van de wettelijke rente, bleef een deel van de te vergoeden heffingsrente nog onbetaald en daarover blijft de wettelijke rente doorlopen.
In de procedure had de inspecteur op 22 augustus 2009 de over het jaar 2007 opgelegde voorlopige aanslag vennootschapsbelasting ambtshalve verminderd. De ontvanger betaalde op 21 december 2011 alsnog de heffingsrente over de periode van 1 juli 2007 tot en met 31 december 2007. De Hoge Raad heeft bepaald dat de Belastingdienst vanaf zes weken na de ambtshalve vermindering van de voorlopige aanslag (dat wil zeggen op 4 oktober 2009) heffingsrente had moeten vergoeden. Op dat moment gaat daarom de wettelijke rente lopen. Na 31 december 2011 loopt de wettelijke rente door over het bedrag dat de Belastingdienst toen te weinig blijkt te hebben betaald. Op dit moment zou de Belastingdienst dus nog het tekort uit het verleden moeten betalen, verhoogd met de wettelijke rente daarover. Of de Belastingdienst daar ambtshalve toe zal overgaan is nog onbekend. Voor alle zekerheid zal men in voorkomende gevallen een verzoek kunnen indienen.